O Departamento de Estado investiga alegações de tortura em prisões operadas pelo Diretório Nacional de Segurança (DNS), órgão de inteligência afegão. O DNS tem uma relação próxima com os EUA, que financia a maior parte de seu orçamento. A prática de tortura infringe a lei conhecida como Emenda Leahy, que proíbe os EUA de financiarem forças de segurança estrangeiras que violem direitos humanos. Caso tais práticas sejam confirmadas, as verbas para a agência de inteligência poderão ser cortadas. Inicialmente, a tortura sistemática de insurgentes em prisões afegãs foi denunciada pela Anistia Internacional e pela Human Rights Watch em 2007. Na época, militares do Canadá e da Grã-Bretanha suspenderam a transferência de detentos ao DNS. Apesar de reiterados avisos, os EUA só cessaram a cooperação em agosto de 2011, quando o general John Allen, comandante das forças dos EUA, foi notificado sobre investigação da ONU para apurar abusos aos direitos humanos no país. Até então, militares dos EUA levavam prisioneiros para os centros de detenção e oficiais da CIA visitavam frequentemente os locais para interrogar membros da Al Qaeda e do Talibã. Alguns agentes do DNS alegam que a CIA não participou das torturas, embora tivesse conhecimento da prática. A Casa Branca e o comando das forças dos EUA no Afeganistão garantiram que não deixariam de tomar providências caso soubessem sobre tais abusos. O diretor de operações do DNS, Ahmed Zia, nega os casos de tortura nas prisões do órgão.