O governo Obama está sendo criticado pela suposta ilegalidade da morte do clérigo da Al Qaeda, Anwar al-Aulaqi. O clérigo foi morto no Iêmen sob comando da CIA, no dia 30 de setembro. Nascido nos EUA, Aulaqi estaria protegido pela Quinta Emenda Constitucional, segundo a qual o Estado não pode tirar a vida de um cidadão sem o devido processo legal. O representante Ron Paul (R-TX) foi um dos principais críticos da ação, afirmando que Aulaqi merecia o mesmo tratamento dispensado ao terrorista Timothy McVeigh, que foi levado à justiça por um atentado a bomba no estado de Oklahoma em 1995. Organizações como a União Americana pelos Direitos Civis (ACLU, na sigla em inglês) e ativistas muçulmanos também condenaram a falta de transparência da administração, que elaborou uma lista de alvos terroristas baseada em pareceres secretos do Departamento de Justiça. Em 2010, a ACLU e o pai do clérigo, Nasser al-Aulaqi, haviam questionado judicialmente a inclusão de Aulaqi na lista. Entretanto, o juiz federal John Bates deliberou que a controvérsia era de natureza política e, como tal, não poderia ser julgada por sua corte. O governo decidiu não apresentar uma justificativa oficial para a morte de Aulaqi. Segundo o especialista em leis de segurança nacional, Robert Chesney, a autorização do uso da força contra a Al Qaeda pelo Congresso em 2001 justifica a identificação de Aulaqi como combatente inimigo. Neste caso, sua nacionalidade não impediria a ação que levou à sua morte.