O Comando de Operações Especiais Conjuntas (JSOC, na sigla em inglês), responsável por operações militares, teve um grande crescimento após os atentados de 11 de setembro. O órgão, criado em 1980 para resgatar civis dos EUA feitos reféns no Irã, tornou-se popular pela execução de Osama bin Laden recentemente. Depois do ataque às torres, o Comando passou a realizar atividades clandestinas não militares. Essas atividades, que incluem ações no exterior sem o envolvimento explícito do governo dos EUA, costumavam ser feitas apenas pela CIA, mediante autorização legislativa. Como o JSOC é uma unidade militar, que depende apenas de permissão do presidente e do secretário de Defesa, o Congresso não tem sido informado sobre suas missões de espionagem, interrogação e execução de supostos terroristas. O crescimento do Comando se deve à intensificação da guerra ao terrorismo.  Em 2003, sob liderança do general Stanley McChrystal e por ordem do então secretário de Defesa Donald Rumsfeld, o Comando tornou-se centro do contraterrorismo. Rumsfeld criou uma lista com quinze países onde o grupo poderia investigar, prender e matar supostos terroristas sem a necessidade de autorizações especiais. Em outros países, o JSOC necessitaria de aprovação do governo local ou de um oficial militar de alta patente dos EUA. O resultado da mudança na natureza de suas operações é que o JSOC, considerado o mais secreto órgão de segurança do país na atualidade, transformou-se no principal instrumento militar de contraterrorismo dos EUA.